Mit dem Abbau der großen Klais-Orgel aus dem Jahr 1978 beginnen in der Kathedrale die Vorbereitungs- und Sicherungsmaßnahmen für die angekündigte Sanierung und Umgestaltung. In der Folge werden weitere Kunstwerke gesichert und Untersuchungen zur Schadstoffbelastung vorgenommen.
Am 1. November 2016 hatte Erzbischof Dr. Heiner Koch entschieden nach „gründlicher Überlegung und Erwägung im Gebet“, nach Zustimmung der Bistumsgremien, die Umgestaltung der Kathedrale „auf der Grundlage des Entwurfs der Preisträger mit Freude und Tatkraft in Angriff zu nehmen.“
Zum 1. September 2018 wurde die Kathedrale geschlossen, die Bischofs- und Kathedral-Gottesdienste finden seitdem in St. Joseph im Wedding statt.
Mittlerweile sind mit der Denkmalrechtlichen Genehmigung und den Förderbescheiden von Bund und Land die Voraussetzungen für die Sanierung und Umgestaltung gegeben.
An Baukosten sind für die Kathedrale 43 Millionen Euro veranschlagt, für das Lichtenberg-Haus 17 Millionen. Die Finanzierung der Gesamtsumme von 60 Millionen Euro ist gesichert:
Das Erzbistum Berlin hat vor dem Hintergrund des deutlich erkennbaren Sanierungsstaus 20 Millionen Euro als Rücklagen gebildet, die anderen deutschen (Erz-)Diözesen unterstützen die beabsichtigte Stärkung des Ortes im Bewusstsein der gewachsenen Bedeutung der Kathedrale für die Katholische Kirche in ganz Deutschland mit 20 Millionen Euro, die Förderbescheide weisen Zusagen in Höhe von zwölf Millionen Euro vom Bund und acht Millionen vom Land Berlin aus.
Nach Abschluss der bauvorbereitenden Maßnahmen ist die Sanierung der Kuppel vorgesehen.